LinuxのSkypeのヘルプメッセージを見て気付いただけですが、 PLAIN TEXT CODE:

$ echo skypename password | skype --pipelogin &

というようにして、コマンドラインからSkypeネームとパスワードを渡してSkypeクライアントを立ち上げることができる模様。 ボットを動かしたりするのに使うのかな。 Skype